از مراحل آغازین شکوفایی شهر استخر در دوره پیش از ساسانی اطلاعات چندانی در دست نیست. برخی باستان شناسان شهر استخر را منطقه عامه نشین دوره هخامنشی دانسته اند. از شاهان پارس دوره پیش از هخامنشی نیز چند اثر در استخر پیدا شده است. در دوره اسلامی شهر استخر با توجه به شورش مردم آن چندین بار مورد غارت قرار گرفت. پس از آن با رونق گرفتن شهر شیراز، استخر تنها یک پادگان نظامی بود تا در دوره آل بویه به کلی ویران گشت .
در کاوشهای سال 1930 تعداد1051 سکه در استخر کشف شد که 19 سکه مربوط به دوره پیش از ساسانی، 60 سکه ساسانی و 900 سکه مربوط به دوره اسلامی بودند. مسجد شهر استخر با مصالح هخامنشی هنوز در شهر استخر دیده میشود .
پیش از این فرض میشد که مصالح سنگی مسجد استخر از تخت جمشید که در 7کیلومتری استخر قرار دارد به این محل آورده شده باشد اما تحقیقات اخیر نشان داد که این مصالح مربوط به کاخی هخامنشی در خود محوطه استخر هستند. پلییانوس از حمله آنتیوخوس سوم به یکی از شهرهای فارس برای غارت معبد آن نام می برد که با مقاومت مردم این شهر به شکست انجامید. این شهر شاید همان استخر باشد و معبد آن همان معبد آناهیتای معروف دوره ساسانی باشد .

تصاویر شهر استخر